バーコード付きNGSアダプターとブロッカー
RevvityのNGSアダプターはすべて、ユニークデュアルインデックス (UDI) を備えており、Illumina、Watchmaker、Twist、その他多くのTruSeqスタイルのライブラリー調製キットと互換性があります。また、ユニーク分子アダプター (UMI) とUDIの両方を備えたアダプターも提供しています。以下の情報は、用途に最適なアダプターを選択する際に役立ちます。
ハイブリダイゼーション濃縮ワークフローでは、ブロッカーはオフターゲット効果を低減し、ハイブリダイゼーションプロセスの性能を最適化するために不可欠です。当社のブロッカーは、ハイブリダイゼーション反応で最も一般的に使用されるIlluminaアダプター配列に結合するように設計されており、プローブが目的のターゲット配列に優先的に結合することを確実にします。
研究用です。診断用にはご使用いただけません。
ユニークデュアルインデックス（UDI）
UDI（図1ではi5およびi7として示される）は、NGSライブラリー分子の両端に付加されます。これにより、研究者が複数のサンプルを並行してマルチプレックスすることが可能になります。私たちは、384種類のアダプター（8塩基インデックス）および1536種類のアダプター（10塩基インデックス）のセットを提供しています。
デュアルインデックスの存在は、シーケンスエラーによってリードが誤って間違ったインデックスに割り当てられる現象であるインデックスホッピングを最小限に抑えます。
「Revvityには、5年間にわたり継続的に使用してきた、1,536種類の検証済みUDIアダプターのセットがあります。このRevvityのUDIセットをIllumina® NovaSeq® X Plusと組み合わせることで、10Bまたは25Bのフローセルの8つのレーンにわたり12,288のサンプルをシーケンスすることが可能です。これにより、サンプルごとのシーケンスコストが劇的に削減されました！」
- Dr. Charlie Johnson, Director of Texas A&M Agri Life Genomics and Bioinformatics Service
ユニーク分子識別子（UMI）：各ライブラリーには9塩基対のUMIが1つ組み込まれています。RevvityのUMIは25万通り以上のユニークな組み合わせを提供し、サンプルライブラリー内の個々の分子をタグ付けすることができます。UMIは、PCR重複（同一のUMI配列を持つ）を真のコピー数（各コピーが異なるUMI配列を持つ）から区別したり、ライブラリー調製の過程で導入されるエラーと真のバリアントを識別するためにも使用されます。
Revvityのライゲーション方式アダプターの利点：
ライゲーションによる完全長UDIおよびUMI配列の組み込み（PCRではなく）により、エラーが導入されるリスクが低減します。このアプローチにより、PCRフリーのワークフローでこれらの機能を効果的に活用できます。バリアントコールの精度向上、遺伝子発現解析、異種性の高い腫瘍サンプルのシーケンシング、ctDNAシーケンス、ディープエクソームシーケンス、シングルセルRNA-seq、および連結リードによるハプロタイピングを向上させるため、「NEXTFLEX UDI-UMIバーコード」の使用をお薦めします。
- すべてのロットは機能検証済みであり、インデックス純度がシーケンスにより試験されています。
選択ガイド：
| 構成 | インデックス長 | マルチプレックスオプション | シーケンサー | ライブラリータイプ互換性 | キット |
|---|---|---|---|---|---|
| UDI | 8 | 384サンプル | Illumina® & Element®プラットフォーム* | ライゲーション方式アダプターによるTruSeqスタイル |
NEXTFLEX® Unique Dual Index Barcodes
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| 10 | 1536サンプル |
NEXTFLEX® UDI Barcodes (Set of 1536)
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| UDI-UMI | 10 | 96サンプル** | NEXTFLEX® UDI-UMI Barcodes |
*Aviti Cloudbreak™ Freestyle化学試薬と共に使用する場合
**96 UDI-UMIを超える可用性についてはお問い合わせください。
図1. NEXTFLEX®アダプターデザインの例
図の構成要素：サンプル由来のDNAまたはRNA断片、P5とP7：Illumina®プラットフォーム用のフローセル結合部位、SP1とSP2：シーケンシングプライマーの結合部位、i5とi7：特定のサンプル（UDI）を識別するために使用される短い配列（8または10 bp）。UMI：ライブラリー内の各分子を一意にタグ付けするために使用される9塩基の配列。
ユニバーサルブロッカー
ターゲット濃縮中に、アダプターが別のライブラリ分子の相補的なアダプター配列の一本鎖と相互作用することがあります。NEXTFLEX® Universal Blockersは、ライブラリー分子同士の連結（コンカテマー化）を防ぐよう設計されています。この相補的なIlluminaアダプター配列の相互作用を阻止することで、オンターゲットリードの数が大幅に向上し、濃縮の深度が増大します。これらはインデックスの長さやユニーク分子識別子（UMI）（UMI）の存在に影響されません。NEXTFLEX Universal Blockersは、Illumina®やElement®のシーケンシングプラットフォーム向けのIDTやTwistなどのライゲーションベース（TruSeqスタイル）およびタグメンテーションベース（Nexteraスタイル）のライブラリー調製キットとの互換性があります。
Figure 2. NEXTFLEX™ ユニバーサルブロッカーの設計
図の構成要素：NEXTFLEX® Universal Blockersは、P5、P7、SP1、およびSP2部位に結合するよう設計された、独自の修飾オリゴの混合物で構成されています。
